用户简介：

 

哈尔滨师范大学坐落于素有“冰城夏都”美誉的历史文化名城哈尔滨，是黑龙江省教育、艺术、人文社会科学和自然科学的重要人才培养基地和科学研究基地，是黑龙江省属重点建设的高水平大学，是教育部本科教学工作水平评估优秀学校。学校是国家“中西部高校基础能力建设工程”高校，是“十三五”时期国家重点支持建设的百所中西部本科院校之一。　

 

学校成立于1951年，其前身是1946年我党在东北解放区建立的松江省立行知师范学校，经历了哈尔滨师范专科学校（1951——1956）、哈尔滨师范学院（1956——1980）时期，1980年更名为哈尔滨师范大学。2000年呼兰师范专科学校、黑龙江农垦师范专科学校并入，2002年黑龙江省物资学校（黑龙江省物资职工大学）并入，组建成新的哈尔滨师范大学。

 

 

 

应用场景-用于分子动力学模拟：

 

大自然并不友善”---在纪录世界各地瘟疫爆发过程的《逼近的瘟疫》一书中曾这样提过。埃博拉、HIV、沙拉……这些病毒我们曾谈之色变，地球在孕育生命的同时，危险也在悄悄潜伏，人类需要在病毒面前尽快找出可以攻克的药物。分子动力学模拟被广泛的应用在现代药物开发设计中，常被称为人类战胜病毒的“武器”。

 

想要了解生命活动过程并进行针对性的药物设计，仅仅知道病毒的基因序列是不够的，折叠成三维立体构像的活性蛋白质及相关复合物才是关键，通过研究和分析相关蛋白质，找到可以和药物分子有特异性相互作用的靶点，才能最终成功开发出可以治疗这项疾病的药物。

 

分子动力学模拟可以通过计算原子之间的相互作用，求解牛顿方程，来模拟体系中原子和分子的运动，它所产生的丰富构像是解释生命活动现象、设计药物分子所不可或缺的重要手段。

 

分子动力学模拟对高性能计算的需求：

 

在分子动力学模拟中，一般需要模拟微秒级或毫秒级的病毒或肿瘤蛋白折叠过程才能积累到足够的样本量，因此必须要用到高性能计算来进行分子动力学模拟。但是，计算过程中各节点间的通讯、负责均衡等问题都会对高性能计算在分子动力学模拟中的应用产生影响。

 

 

 

 

天翱解决方案： 

计算节点选择天翱RS272-H8，RS272-H8是天翱公司推出的一款支持AMD最新Rome多核处理器超算产品，支持AMD EPYC™ 7002 Series系列CPU。
计算节点采用双路EPYC  7742处理器，256G DDR4 2933内存， 处理器拥有强劲的128核256线程处理能力，支持DDR4 3200 MHz Registered ECC内存，最高可支持4TB内存。

管理节点采用RS272-S8服务器，RS272-S8采用双路AMD EPYC™ 7002 Series系列处理器，最多可以支持4TB内存，热插拔硬盘。考虑到节点数据存取比较频繁的特点，内存扩展为128G，硬盘扩展为多块热插拔SSD硬盘，组成阵列。管理节点同时也是用户登陆节点。网络方面，采用双网模式。计算网用于并行计算时的数据交换和计算通讯，无论是通信次数还是通信量都很大，对网络的延迟和带宽都有较高的要求。针对这一特点我们采用Infiniband网络作为计算网络，Infiniband技术是采用RDMA传输机制实现了低迟，高带宽的新型网络标准，在数据存储节点中加入infiniband和计算节点管理节点进行互联，满足应用的需要。而管理节点主要是进行一些必要的计算节点;数据存储系统管理、监控、登入等管理，同时又作为数据传输网络的备份，对网络性能的要求不高，千兆网络即可满足。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

  

 

天翱 RS272-H8 高性能计算来进行分子动力学模拟方式的同时，显著高性能计算模拟能力，可支持教学机构对教学质量进行高效分析，促进教学改进以及优化教学内容， 更适用于各种虚拟化解决方案、大数据分析、以及其他需要更高灵活性、更高性能、更大存储能力的应用场景。也广泛的应用在现代药物开发设计中，为人类找出战胜病毒的“武器”。